货物的重量与体积是基础影响因素。船公司在计算运费时，以货物重量(以吨为单位)与体积(以立方米为单位)，选择数值较大者作为计费依据。
运输的起运港与目的港也对费用影响显著。不同港口的地理位置、基础设施、运营成本以及当地的贸易政策存在差异。从繁忙的枢纽港口出发，如上海港、新加坡港，由于航线密集、竞争激烈，费用相对较为透明且有一定竞争力;而一些偏远或小港口，因缺乏规模效应，可能存在额外的转运费用、港口附加费等，导致整体海运拼箱费用大幅上升。同时，目的港所在国家或地区的关税政策、清关难度也会间接影响费用。若目的港清关繁琐、关税高，船公司可能会将部分风险成本转嫁到运费中。
货物的品类同样不可忽视。普通货物与特殊货物在运输要求上大不相同。像电子产品、纺织品等普通货物，运输相对简单，费用相对较低;而危险化学品、易腐货物等特殊货物，需要特殊的包装、储存条件以及运输设备，运输过程中的风险也更高，船公司为此会收取高额的附加费，从而显著提高海运拼箱费用。
市场供需关系在费用波动中扮演着关键角色。在货运旺季，如每年电商大促前夕，大量货物等待出运，对舱位的需求急剧增加，此时船公司处于卖方市场，往往会提高运费;相反，在货运淡季，舱位闲置，船公司为吸引客户，可能会降低运费。此外，全球经济形势、贸易政策的变化也会通过影响市场供需，间接影响海运拼箱费用。
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